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Visio教程之分类富集条形图

富集条形图(Enrichment Bar Plot)是一种用于可视化富集分析结果的图表表示方式。富集分析用于确定在给定基因集合中是否存在显著富集的功能注释或代谢途径。富集条形图通过条形表示每个功能注释或途径的富集程度,并提供相关的统计指标,如富集因子(Enrichment Factor)和显著性水平。

富集图示例

在富集条形图中,每个条形代表一个功能注释或途径,条形的长度表示富集程度,越长表示富集越显著。通常,富集条形图会按照富集程度进行排序,从高到低。图表还可能包含其他信息,例如富集因子和调整的p值等。

富集条形图是一种直观且易于理解的方式,可以帮助研究人员快速识别和理解基因集合中存在的功能相关信息。当然了,如果想要表达其他的数据也可以借用这样的形式。

下面我们就用Excel+Visio实现这个过程,相当简单。

在Excel中随便弄点数据,插入横向的二维条形图,如下图所示,长度宽度距离都不要管,就要个形状。

粘贴到Visio画板中,先按照上图的横纵坐标画好坐标轴线和刻度线。

将图片取消组合,删除多余的部分,只留下条形图部分。

按照排版布局的需求对图形大小进行调整,如果有两个这样的图左右并列,那这幅图应该是竖长的,如果是2*2格式的,那这幅图应该是方正的。这里我们按照原图的大小来调整。全选中所有的图形,调整长宽。

因为纵坐标只是用来分类,在调整的时候,我们只要注意条形图的横向长度不变,就不会改变数据。调整条形图的间距和高度。

如果我们想要对六组图形进行自动间距调整,则需要对六组图形进行分别组合,不然不会识别为一个整体。

因为现在的间距比较宽,我们要缩小这六组数据之间的间距,就要把最上面的往下移动。

选中六组数据,选择纵向分布,我们发现它们之间的间距已经变小了。

同样的道理,我们调整每组数据中三个条形的位置。先将之前组合的形状释放开,然后调整单个形状的位置。顺手我们将横纵坐标的线条改为黑色,0.5pt粗。

这里条形图与纵坐标线的图层位置需要调整一下,让条形图置于底层。

接下来就是调整颜色了,这个就很简单了,直接选中图形填充颜色即可,想填充什么颜色填充颜色。

然后加上标注信息,根据实际情况再调整图形的位置。

从图形结构上看,图形的右半部分是有多余的留白的,以纵轴为中心线的话,左边偏重,右边偏轻,所以我们要将图例摆放在右上部分。利用矩形工具随便画一个正方形出来,用格式刷将条形图的格式刷给正方形。按住Ctrl+左键轻松复制。

想要其他形式的布局可以随意调整,线条粗细、颜色、字体都可以按照喜好来。

如果想要表现P值和数量大小,做成双向的条形图大小,方式也很简单。前面的步骤不变,在调整好间距布局后,对条形图进行水平翻转,这个功能在位置的旋转形状里面。

然后将两者组合起来,就能做出这样的效果。

最近发了不少关于Visio作图的文章,收到了很多私信,很多人都在问我,这些图用Matlab、R语言、ggplot之类的也能画出来,我自然清楚这些图能用代码实现,但是我绝对能打包票的说,我写的这些东西理解起来绝对比那些教代码的教程要容易许多。

我了解的身边很多人对作图很头疼,他们要是真的能学会代码,学会各种各种程序包,学会怎么设置环境变量,怎么安装软件也就不至于头疼了,这也就是为什么Origin能深受大众喜爱。我承认在处理复杂数据方面现有的作图软件有优势,但是门槛高到别人望而却步,就算教程写的再详细,一句代码错了都会让不懂程序的人浪费很长的时间去找原因。

我也是一个Matlab的爱好者,我可以轻松看懂的代码别人不一定能看懂,但我一直都认为Excel+Visio是一种极其简单的方式,如果大家不信可以去搜条形富集图的教程,全是在教你怎么写程序,全网能这么认真开发Visio的使用也就只有我这里了。

因为Visio对很多人来说比较小众,而且能够坚持用Visio的骨灰级使用者也少之又少,更别提有几人能在头条详细的发教程了,所以希望大家能够理解小编。如果有任何大家能够从中学到的东西,那这个文章就写的很值。想学代码的可以去知乎大平台,我仅仅想帮助那些科研小白而已。

今天看到这样一个简单的图却用很多句代码才能实现的时候,就想用我自己的方式证明这是如何简单,也顺便说一下最近私信的风头。我不希望大家为了调整间距去搜索了好几句代码,然后调试程序,这些时间只需要拿出一小部分去移动一下图形就行。

今天的教程就到这里,以后看到好的图我还会以同样简单的方式写出来分享给大家,希望大家多多关注和转发。

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